江戸時代までは、官選の正史として記述された『日本書紀』の方が重要視され、『古事記』はあまり重視されていなかった。江戸中期以降、本居宣長の『古事記伝』など国学の発展によって、『日本書紀』よりも古く、かつ漢文だけでなく日本の言葉も混ぜて書かれた『古事記』の方が重視されるようになり、現在に至っている。
明治以降は、皇国史観によって日本神話の記述が神聖視され、神話研究はそれ以前よりも後退することとなった。大正時代に津田左右吉が『神代史の新しい研究』ほかを発表し、日本神話に科学的な観点から批評を行い、神代記は政治的な意図で作られた創作であると結論づけた。戦前は不敬罪として弾圧されたが、戦後になって注目され、しばらくの間、津田の説が日本神話研究の中心となった。現在では津田説が細部まで正しいとは必ずしも考えられてはいないが、日本神話を考古学などの証拠なく弥生・古墳時代の史的事実の反映と考える説は基本的に退けられている。
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今日では、意図的な改変や創作がかなり加えられてはいるが、そのようなものの見方をする古代の人たちがいたことに注目する文化的背景を考察する考え方が主流となっている。